За роки існування в університеті склалася низка наукових шкіл у галузі педагогіки, психології, фізики, математики, що визнані як в Україні, так і за її межами, і я в яких ведеться підготовка наукових кадрів. Їх традиції успішно продовжуються професорами університету й сьогодні; у рамках цих шкіл започатковані і розвиваються нові напрями. У 2007 році видано книгу «Наукові школи Південноукраїнського державного педагогічного університету ім.К.Д.Ушинського» / Уклад. Т. І. Койчева; За ред. А. М. Богуш, О. Я. Чебикіна. - Одеса: Друкарський дім, Фаворит, 2007.-256с.

Наукова школа А. М. Богуш «Теоретико-методичні проблеми дошкільної лінгводидактики»

Наукова школа О. Я. Чебикіна «Розвиток емоційної сфери людини»

Наукова школа «Одеська школа функціонального аналізу»

Наукова школа Р. І. Хмелюк «Підготовка вчителя національної школи»

Наукова школа  С. М. Наумкіної «Політичні виміри ефективності управлінської діяльності»